La lutte contre la résistance aux antimicrobiens reste freinée en Afrique par un déficit de données et d’infrastructures. Dans plusieurs pays, les laboratoires disposent de moyens limités pour identifier les bactéries résistantes, tandis que les résultats d’analyses sont parfois incomplets, transmis tardivement ou difficilement reliés aux informations cliniques des patients.
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Cette situation réduit la capacité des autorités sanitaires à suivre l’évolution des infections et à adapter les traitements. Une analyse attribuée à la revue Lancet estime à 27,3 pour 100 000 habitants le taux de décès attribuables à la résistance bactérienne aux antimicrobiens en Afrique subsaharienne occidentale en 2019.
Des infections souvent traitées sans confirmation de laboratoire
L’Organisation mondiale de la santé estime qu’en 2023, une infection bactérienne confirmée sur cinq dans sa région africaine était résistante aux antibiotiques. Ce chiffre ne couvre toutefois pas les infections qui n’ont jamais fait l’objet d’un test, ce qui limite la portée de l’estimation.
Au Nigeria, la pharmacienne Ifeyinwa George, responsable du programme sur la résistance antimicrobienne au sein de DRASA Health Trust, identifie la faiblesse des capacités de laboratoire comme un obstacle au dépistage et au suivi des agents pathogènes résistants. Lorsque les médecins ne disposent pas d’éléments permettant d’identifier le micro-organisme ou de confirmer l’antibiotique efficace, ils peuvent recourir à une prescription empirique.
Le Centre nigérian de contrôle et de prévention des maladies rapporte par ailleurs qu’un patient hospitalisé sur deux recevant des antibiotiques se voit administrer plus d’un antibiotique. Des études nigérianes citées dans ce contexte font également état d’un recours important aux traitements commencés avant l’obtention de preuves biologiques.
Une étude menée dans 14 pays avec l’appui d’Africa CDC illustre l’ampleur du problème. Sur près de 50 000 laboratoires examinés, seuls 1,3 % réalisaient des analyses de bactériologie. Parmi environ 187 000 échantillons testés pour la résistance, 88 % ne comportaient pas d’informations cliniques telles que le diagnostic ou la prise antérieure d’antibiotiques.
Au Kenya, une enquête menée auprès de 219 établissements de santé a constaté que 61,6 % ne proposaient pas de culture bactérienne. Seuls 16,9 % réalisaient des tests de sensibilité aux antimicrobiens. Au Cape Coast Teaching Hospital, au Ghana, les rapports de laboratoire mettaient en moyenne 3,4 jours entre la réception de l’échantillon et leur intégration dans le système électronique de santé.
« Lorsque nous ne testons pas, nous avançons essentiellement à l’aveugle », résume Beverly Egyir, chercheuse ghanéenne spécialisée dans la résistance antimicrobienne.
La qualité des médicaments, un autre maillon fragile
La surveillance ne concerne pas uniquement les bactéries. La qualité des médicaments distribués influence également l’efficacité des traitements et peut favoriser la résistance lorsque les produits contiennent une quantité insuffisante de substance active.
L’Autorité ghanéenne des aliments et des médicaments a déclaré avoir découvert en 2025 des produits pharmaceutiques contrefaits pour une valeur de 42 millions de cédis ghanéens, soit environ 3,6 millions de dollars. Au Nigeria, l’Agence nationale pour le développement des soins de santé primaires a affirmé qu’environ 70 % des médicaments distribués étaient sous-standard ou contrefaits, une déclaration qui n’est pas vérifiée indépendamment dans ce rapport.
Pour améliorer la traçabilité, l’agence nigériane NAFDAC permet notamment aux consommateurs de vérifier par SMS les codes de certains médicaments grâce à son service d’authentification mobile. L’OMS encourage aussi des systèmes numériques interopérables pour remplacer les signalements fragmentés sur support papier.
Des réseaux de surveillance encore à renforcer
L’Afrique du Sud publie, par l’intermédiaire de son Institut national des maladies transmissibles, un tableau de bord de surveillance de la résistance antimicrobienne alimenté par des données de laboratoire. Au Kenya, les données sur la résistance, l’utilisation et la consommation d’antibiotiques sont regroupées dans un entrepôt central. Le pays a commencé à transmettre des données individuelles au système mondial de surveillance de l’OMS, GLASS, en 2025.
Selon l’OMS, un dispositif lancé en 2017 avec deux sites modèles au Kenya s’est étendu à un réseau de 32 sites répartis dans 27 pays. Malgré ces progrès, 48 % des pays n’ont pas transmis de données de résistance à GLASS en 2023 et environ la moitié de ceux qui ont effectué un signalement ne disposaient pas de systèmes capables de produire des données fiables.
Le renforcement des infrastructures figure parmi les priorités de l’initiative ARILAC, soutenue par l’Union européenne, qui doit accompagner huit pays pendant quatre ans. Lors de son lancement en juillet 2026, Africa CDC a appelé à inscrire les systèmes de laboratoire et de données dans les budgets nationaux. Son cadre 2026-2030 consacré à la résistance antimicrobienne fait également du financement durable une priorité.
Les outils d’intelligence artificielle et d’aide à la décision clinique pourraient contribuer à l’analyse et à l’orientation des traitements, mais ils restent dépendants de données fiables. Sans tests accessibles, dossiers médicaux reliés et contrôle de la qualité des médicaments, la technologie ne peut pas se substituer aux fondations nécessaires de la surveillance sanitaire.
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